L'administration dépend de la durée prévisible de la nutrition entérale et de la pathologie existante. Elle peut se faire soit :

•  par une sonde nasale : nasogastrique (arrive dans l'estomac), nasoduodenale ( arrive dans le duodenum) ou nasojéjunale (dans l'intestin jéjunum)
•  par une stomie : une sonde est mise en place à travers la paroi abdominale directement dans l'estomac (gastrostomie) ou dans l'intestin (jéjunostomie).

On relie ensuite la poche (ou le flacon) de nutrition entérale à la sonde par une tubulure à travers laquelle le produit s'écoule soit par simple gravité (la poche est alors placée sur une potence), soit par une pompe régulatrice de débit . L'administration peut être continue ou discontinue.